Przebieg leczenia i wyniki, jakich można się spodziewać, zostały opisane przez Cartwrighta (1975) i Drouheta (1978). Amfoterycyna B znalazła obecnie zastosowanie w leczeniu grzybic układowych zagrażających życiu, takich jak histoplazmoza, kokcydiomikoza, blastomikoza północno-amerykańska, czy zapalenie opon mózgowych wywołane przez Cryptococcus meningitidis. W zapaleniu opon mózgowych zaleca się dodatkowo stosowanie małych dawek antybiotyku, np. 0,5 mg do przestrzeni podpajęczynówkowej. Innymi wskazaniami mogą być ciężkie postacie aspergilozy i kandydiazy; opisano nawet przypadek wyleczenia amfoterycyna zapalenia wsierdzia wywołanego przez Candida albicans. Poprzednio przypadki takie zawsze kończyły się zgonem. Leczenie amfoterycyna rozpoczyna się od dawki l mg, którą stopniowo się zwiększa, szybko, jeżeli lek jest dobrze tolerowany, aż do osiągnięcia dawki l mg/kg. Dawkę tę powtarza się następnie co drugi dzień i jeżeli jest to możliwe — aż do osiągnięcia dawki łącznej 3 g. W czasie leczenia często występują różne działania niepożądane, np. gorączka, nudności i wymioty (które zwykle zwiększają się po podaniu kwasu acetylosalicylowego i leków przeciwhistamino-wych), zakrzepowe zapalenie żył w miejscu wstrzyknięcia, niedokrwistość, hipokalcemia i zwiększanie się stężenia mocznika we krwi. Ten ostatni objaw uważa się za odwracalny, ale Stanford i wsp. (1962), którzy wykonali biopsję tkanki nerkowej u 3 osób wyleczonych amfoterycyna z kokcydiomikozy. stwierdzili proliferacyjne zmiany w kłębkach nerkowych, zmiany zwyrodnieniowe kanalików i śródmiąższowe złogi wapnia, co wskazuje, że uszkodzenia mają częściowo charakter trwały.
